La construction et la mise en service d'un barrage sur le Nawel, un confluent du fleuve Sénégal, obstrue la voie de migration naturelle des lamantins et semble avoir déjà causé la perte d'un spécimen en 2008, puis trois spécimens en 2009. Cette situation est très préoccupante pour cette espèce dont les effectifs sont très réduits.
Le Lamantin d’Afrique (Trichechus senegalensis) est une espèce menacée d’extinction et protégée au niveau national et international par la Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacés d'extinction (CITES) et la Convention sur la conservation des espèces migratrices (CMS). Elle figure également sur la liste Rouge de l'UICN comme une espèce vulnérable.
Diverses menaces pèsent sur cette espèce, dont des capture accidentelles par les filets de pêche, les pressions directes de la chasse, la modifications de l’habitat, la construction des barrages (fragmentation de l’habitat) et les projets d’irrigation (sécheresse).